Na IKZE wpłaty dokonane (w ramach limitu) w danym roku kalendarzowym możemy odliczyć od postawy opodatkowania w zeznaniu PIT za dany rok kalendarzowy. Na IKE przy wypłacie na rachunek bankowy oszczędzającego trafia całość kapitału gromadzonego na koncie (jeśli spełnione są warunki ustawowe do wypłaty), lecz wpłat nie można odliczać w ramach ulgi podatkowej.
Po zwrocie środków, posiadacz IKZE musi rozliczyć samodzielnie wypłacane środki w zeznaniu PIT za dany rok kalendarzowy (jako dochody z innych źródeł). W przypadku IKE zwrot środków wiąże się z pobraniem przez Fundusz i odprowadzeniem do Urzędu Skarbowego ryczałtowego podatku od dochodów kapitałowych. Takiemu opodatkowaniu podlega również uzyskany dochód w przypadku częściowego zwrotu.
Z IKE Oszczędzający może wypłacić środki po ukończeniu 60. roku życia lub nabyciu uprawnień emerytalnych i ukończeniu 55 roku życia oraz spełnieniu warunku: dokonywania wpłat w 5 dowolnych latach albo dokonania ponad połowy wpłat nie później niż na 5 lat przed dniem złożenia wniosku o dokonanie wypłaty.
Z IKZE Oszczędzający może wypłacić środki po ukończeniu 65. roku życia oraz pod warunkiem dokonywania wpłat na IKZE co najmniej w 5 latach kalendarzowych.
Na IKE można przenieść środki z PPE (pracowniczego programu emerytalnego)/ PPK (pracowniczego programu kapitałowego)/ OIPE (ogólnoeuropejskiego indywidualnego programu emerytalnego)– wtedy mowa o tzw. wypłacie transferowej do IKE.
Na IKZE wypłata transferowa możliwa tylko z IKZE.
Z IKE jest możliwy częściowy zwrot środków.
Z IKZE w ramach zwrotu wypłacany jest cały kapitał – nie ma możliwości zwrotu częściowego tak jak w IKE.